Исследования кишечного микробиома в настоящее время вызывают большой интерес у клиницистов. Это связано с тем, что результаты проведенных исследований показывают тесную взаимосвязь кишечного микробиома с развитием различных заболеваний. В статье представлены современные методы отбора проб для  исследований, охарактеризованы мультиомические методы исследования (метагеномика, метапротеомика, метатранскриптомика, метаболомика) и  возможности их применения в  клинической практике с  указанием их преимуществ и  недостатков. Описаны наиболее распространенные методы исследования (при этом особое внимание уделено изучению кишечного микробиома), в  которых можно получить оптимально объективные результаты и точность вычислительного анализа данных. Эти исследования будут способствовать развитию персонализированной медицины, которая будет применяться в самых различных областях — от точной идентификации патогенных штаммов для целенаправленного лечения до тщательного мониторинга дисбаланса микробных сообществ при заболеваниях и до персонализированного и рационального плана манипуляций с микробиомом.