Микробиота и болезни человека: возможности диетической коррекции

В настоящее время микробиота признана новым «эктракорпоральным органом», который участвует в поддержании гомеостаза нашего организма. Если значение некоторых микроорганизмов уже определено, то роль большинства из них еще не понятна. Исследователи считают, что идентифицировано от 81 до 99% всех микроорганизмов у здоровых взрослых. Малоизученным остается механизм взаимодействия микроорганизмов друг с другом и с организмом человека. Не решен вопрос видового состава микробиоты у новорожденных и детей. В современных реалиях клиническое значение нормальной микрофлоры до конца непонятно. Опубликовано множество сообщений о непосредственной роли микробиоты как триггерного механизма различных заболеваний (атеросклероз, ожирение, сахарный диабет 2-го типа, воспалительные заболевания кишечника, синдром раздраженного кишечника, хроническая обструктивная болезнь легких, атопические заболевания, депрессия, аутизм и др.) и канцерогенеза. Изучение коммуникативных бактериальных связей может быть использовано в разработке новых лекарственных средств и новых стратегических подходов в лечении.

1. Кожевников А.А., Раскина К.В., Мартынова Е.Ю., Тяхт А.В., Перфильев А.В., Драпкина О.М. и др. Кишечная микробиота: современные представления о видовом составе, функциях и методах исследования. РМЖ 2017; 17(Специальный выпуск): 1244—1247.

2. Landman C., Qmvrain E. Gut microbiota: Description, role and pathophysiologic implications. Rev Med Interne 2016; 37(6): 418-423. DOI: 10.1016/j.revmed.2015.12.012

3. Ардатская М.Д., Бельмер С.В., Добрица В.П., Захаренко С.М., Лазебник Л.Б., Минушкин О.Н. и др. Дисбиоз (дисбактериоз) кишечника: современное состояние проблемы, комплексная диагностика и лечебная коррекция. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология 2015; 117(5): 13-50.

4. Harmsen H.J., de Goffau M.C. The Human Gut Microbiota. Adv Exp Med Biol 2016; 902: 95-108. DOI: 10.1007/978-3-319-31248-4_7

5. Харитонова Л.А., Григорьев К.И., Борзакова С.Н. Микробиота человека: как новая научная парадигма меняет медицинскую практику. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология 2019; 161(1): 55-63.

6. Rajilic-Stojanovic M., de Vos W.M. The first 1000 cultured species of the human gastrointestinal microbiota. FEMS Microbiol Rev 2014; 38: 996-1047. DOI: 10.1111/1574-6976.12075

7. Усенко Д.В. Антибиотик-индуцированные изменения микробиома желудочно-кишечного тракта и их коррекция. РМЖ 2018; 2(II): 96-99.

8. Ситкин С.И., Ткаченко Е.И., Вахитов Т.Я. Метаболический дисбиоз кишечника и его биомаркеры. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. 2016; 12 (136): 3-12.

9. Eckburg P.B., Bik E.M., Bernstein C.N., Purdom E., Dethlef-sen L., Sargent M. et al. Diversity of the Human Intestinal Microbial Flora. Science 2005; 308(5728): 1635-1638. DOI: 10.1126/science.1110591

10. Nardone G, Compare D. The human gastric microbiota: Is it time to rethink the pathogenesis of stomach diseases? United European Gastroenterol J 2015; 3(3): 255-260. DOI: 10.1177/2050640614566846

11. Корниенко Е.А., Паролова Н.И., Иванов С.В., Захарченко М.М., Полев Д.С., Зыкин П.А. и др. Метагеном и заболевания желудка: взаимосвязь и взаимовлияние. РМЖ «Медицинское обозрение» 2018; 11: 37-44.

12. Lv J., Guo L., Liu J.J., Zhao H.P., Zhang J., Wang J.H. Alteration of the esophageal microbiota in Barrett’s esophagus and esophageal adenocarcinoma. World J Gastroenterol 2019; 25(18): 2149-2161. DOI: 10.3748/wjg.v25.i18.2149

13. Yang L., Lu X., Nossa C.W., Francois F, Peek R.M., Pei Z. Inflammation and intestinal metaplasia of the distal esophagus are associated with alterations in the microbiome. Gastroenterol 2009; 137(2): 588-597. DOI: 10.1053/j.gas-tro.2009.04.046

14. Иванова И.И., Червинец В.М. Микробиота желудочно-кишечного тракта при хроническом гастрите. Под ред. А.Н. Суворова, В.П. Новиковой, И.Ю. Мельниковой. СПб: ИнформМед, 2014; 94-121.

15. Budden K.F., Gellatly S.L., Wood D.L.A., Cooper M.A., Morrison M., Hugenholtz P. Emerging pathogenic links between microbiota and the gut-lung axis. Nat Rev Microbiol 2017; 15(1): 55-63. DOI: 10.1038/nrmicro.2016.142

16. Хавкин А.И., Косенкова Т.В., Бойцова Е.А., Новикова В.П., Богданова Н.М. Микробиота кишечника как эпигенетический фактор формирования пищевой аллергии. В книге: Кишечная микробиота у детей: норма, нарушения, коррекция. Бельмер С.В., Хавкин А.И., Алешина Е.О., Алешкин А.В., Бехтерева М.К., Богданова Н.М. и др. М.: Медпрактика-М, 2019; 323-336.

17. Liu R.T., Rowan-Nash A.D., Sheehan A.E., Walsh R.F.L., Sanzari C.M., Korry B.J., Belenky P. Reductions in anti-inflammatory gut bacteria are associated with depression in a sample of young adults. Brain Behav Immun 2020; 88:308324. DOI: 10.1016/j.bbi.2020.03.026.88:308-324

18. Parkes G.C., Rayment N.B., Hudspith B.N., Petrovska L., Lomer M.C., Brostoff J. et al. Distinct microbial populations exist in the mucosa-associated microbiota of sub-groups of irritable bowel syndrome. Neurogastroenterol Motil 2012; 24(1): 31-39. DOI: 10.1111/j.1365-2982.2011.01803.x

19. Harsch I.A., Konturek P.C. The Role of Gut Microbiota in Obesity and Type 2 and Type 1 Diabetes Mellitus: New Insights into “Old” Diseases. Med Sci (Basel) 2018; 6(2): 32. DOI: 10.3390/medsci6020032

20. Осадчук А.М., Давыдкин И.Л., Гриценко Т.А., Лебедева Е.А., Петрушин А.Е. Роль микробиоты желудочно-кишечного тракта в развитии заболеваний внутренних органов. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. 2018;153(5): 133-139.

21. Prehn-Kristensen A., Zimmermann A., Tittmann L., Lieb W., Schreiber S., Baving L., Fischer A. Reduced Microbiome Alpha Diversity in Young Patients With ADHD. PLoS One 2018; 13(7): e0200728. DOI: 10.1371/journal.pone.0200728

22. Esaiassen E., Hjerde E., Cavanagh J.P., Simonsen G.S., Klin-genberg C. Norwegian Study Group on Invasive Bifidobacte-rial Infections. Bifidobacterium Bacteremia: Clinical Characteristics and a Genomic Approach To Assess Pathogenicity. J Clin Microbiol 2017; 55(7): 2234-2248. DOI: 10.1128/ JCM.00150-17

23. Chen Y.Y., Chen D.Q., Chen L., Liu J.R., Vaziri N.D., Guo Y. et al. Microbiome—metabolome reveals the contribution of gut-kidney axis on kidney disease. J Transl Med 2019; 17: 5. DOI: 10.1186/s12967-018-1756-4

24. Sampaio-Maia B., Simoes-Silva L., Pestana M., Araujo R., Soares-Silva I.J. The Role of the Gut Microbiome on Chronic Kidney Disease. Adv Appl Microbiol 2016; 96: 65-94. DOI: 10.1016/bs.aambs.2016.06.002

25. Rumah K.R., Linden J., Fischetti V.A., Vartanian T. Isolation of Clostridium perfringens type B in an individual at first clinical presentation of multiple sclerosis provides clues for environmental triggers of the disease. PLoS One 2013; 8: e76359. DOI: 10.1371/journal.pone.0076359

26. Sheng Q., Du H., Cheng X., Cheng X., Tang Y., Pan L. et al. Characteristics of fecal gut microbiota in patients with colorectal cancer at different stages and different sites. Oncol Lett 2019; 18(5): 4834-4844. DOI: 10.3892/ol.2019.10841

27. Karlsson F.H., Fk F., Nookaew I., Tremaroli V., Fagerberg B., Petranovic D. et al. Symptomatic atherosclerosis is associated with an altered gut metagenome. Nat Commun 2012; 3:1245. DOI: 10.1038/ncomms2266

28. Patey O., Bimet F., Riegel P., Halioua B., Emond J.P., Estrangin E. et al. Clinical and molecular study of Coryne-bacterium diphtheriae systemic infections in France. Coryne Study Group. J Clin Microbiol 1997; 35(2): 441-445.

29. Rudresh S.M., Ravi G.S., Alex A.M., Mamatha K.R., Sunitha L., Ramya K.T. Non Diphtheritic Corynebacteria: An Emerging Nosocomial Pathogen in Skin and Soft Tissue Infection. J Clin Diagn Res 2015; 9(12): DC19-21. DOI: 10.7860/JCDR/2015/15580.6977

30. Famularo G., Minisola G., Nicotra G.C., Parisi G., De Simone C. A case report and literature review of Corynebacterium urealyticum infection acquired in the hospital. Intern Emerg Med 2008; 3(3): 293-295. DOI: 10.1007/s11739-008-0120-8

31. Nagla S., Lamyaa S., Sally S., Ghada I., Martin H.B. Coryne-bacterium urealyticum: a comprehensive review of an understated organism. Infect Drug Resist 2015; 8: 129-145. DOI: 10.2147/IDR.S74795

32. McLaughlin J., Watterson S., Layton A.M., Bjourson A.J., Barnard E., McDowell A. Propionibacterium acnes and Acne Vulgaris: New Insights from the Integration of Population Genetic, Multi-Omic, Biochemical and Host-Microbe Studies. Microorganisms 2019; 7(5): 128. DOI: 10.3390/microorgan-isms7050128

33. Sowmiya M., Malathi J., Swarnali S., Padma J.P., Therese K.L., Madhavan H.N. A study on the characterization of Propionibacterium acnes isolated from ocular clinical specimens. Indian J Med Res 2015; 142(4): 438-449. DOI: 10.4103/0971-5916.169209

34. Sasaki M., Klapproth J.-M.A. The Role of Bacteria in the Pathogenesis of Ulcerative Colitis. J Signal Transduct 2012; 2012: 704953. DOI: 10.1155/2012/704953

35. Lidar M., Langevitz P., Shoenfeld Y. The role of infection in inflammatory bowel disease: initiation, exacerbation and protection. Isr Med Assoc J 2009; 11(9): 558-563.

36. Allen-Vercoe E., Jobin C. Fusobacterium and Enterobacteri-aceae: Important players for CRC? Immunol Lett 2014; 162: 54-61. DOI: 10.1016/j.imlet.2014.05.014

37. Bhatti M.A., Frank M.O. Vfeillonella parvula meningitis: case report and review of Veillonella infections. Clin Infect Dis 2000; 31(3): 839-840. DOI: 10.1086/314046

38. Yamamoto E.A., Jmrgensen T.N. Relationships Between Vitamin D, Gut Microbiome, and Systemic Autoimmunity. Front Immunol 2019; 10: 3141. DOI: 10.3389/fimmu.2019.03141

39. Burnett-Hartman A.N., Newcomb P.A., Potter J.D. Infectious agents and colorectal cancer: A review of Helicobacter pylori, Streptococcus bovis, JC virus, and human papillomavirus. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 2008; 17(11): 2970-2979. DOI: 10.1158/1055-9965.EPI-08-0571

40. Gorkiewicz G., Moschen A. Gut microbiome: a new player in gastrointestinal disease. Virchows Archiv 2018; 472(1): 159-172. DOI: 10.1007/s00428-017-2277-x

41. Cicinelli E., De Ziegler D., Nicoletti R., Colafiglio G., Saliani N., Resta L. et al. Chronic endometritis: correlation among hysteroscopic, histologic, and bacteriologic findings in a prospective trial with 2190 consecutive office hysterosco-pies. Fertil Steril 2008; 89(3): 677-684. DOI: 10.1016/j.fertn-stert.2007.03.074

42. HollerE., ButzhammerP., SchmidK., HundsruckerC., Koest-ler J., Peter K. et al. Metagenomic Analysis of the Stool Microbiome in Patients Receiving Allogeneic Stem Cell Transplantation: Loss of Diversity Is Associated with Use of Systemic Antibiotics and More Pronounced in Gastrointestinal Graft-versus-Host Disease. Biol Blood Marrow Transplant 2014; 20(5): 640-645. DOI: 10.1016/j.bbmt.2014.01.030

43. Ситкин С.И., Ткаченко Е.И., Вахитов Т.Я., Орешко Л.С., Жигалова Т.Н., Авалуева Е.Б. Метаболом сыворотки крови и микробиота кишечника при язвенном колите и це-лиакии. Вестник Северо-Западного государственного медицинского университета им. И.И. Мечникова 2014; 3(6): 12-22.

44. Frank D.N., Amand A.L.S., Feldman R.A., Boedeker E.C., Harpaz N., Pace N.R. Molecular-phylogenetic characterization of microbial community imbalances in human inflammatory bowel diseases. Proc Natl Acad Sci U S A 2007; 104(34): 13780-13785. DOI: 10.1073/pnas.0706625104

45. Jhangi S., Gandhi R., Glanz B., Cook S., Nejad P., Ward D. et al. Increased Archaea Species and Changes with Therapy in Gut Microbiome of Multiple Sclerosis Subjects. Neurol 2014; 82(10 Supplement). https://nmeurology.org/content/82/10_Supplement/S24.001

46. Лоранская И.Д., Халиф И.Л., Болдырева М.Н., Купаева ВА. Характеристика микробиома при воспалительных заболеваниях кишечника. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. 2018;(5):104—111.

47. Шендеров Б.А., Юдин С.М., Загайнова А.В., Шевыре-ва М.П. Роль комменсальных кишечных бактерий в эти-опатогенезе воспалительного заболевания кишечника: Akkermansia muciniphila. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология 2018; 159(11): 4-13. DOI: 10.31146/1682-8658-ecg-159-11-4-13

48. Spencer M.D., Hamp T.J., Reid R.W., Fischer L.M., Zeis-el S.H., Fodor A.A. Association between composition of the human gastrointestinal microbiome and development of fatty liver with choline deficiency. Gastroenterol 2011; 140: 976— 986. DOI: 10.1053/j.gastro.2010.11.049

49. Gagniere J., Raisch J., Veziant J., Barnich N., Bonnet R., Buc E. et al. Gut microbiota imbalance and colorectal cancer. World J Gastroenterol 2016; 22(2): 501-518. DOI: 10.3748/wjg.v22.i2.501

50. Delday M., Mulder I., Logan E.T., Grant G. Bacteroides the-taiotaomicron Ameliorates Colon Inflammation in Preclinical Models of Crohn’s Disease. Inflamm Bowel Dis 2019; 25(1): 85-96. DOI: 10.1093/ibd/izy281

51. Atanasova K.R., Yilmaz О. Looking in the Porphyromonas gingivalis cabinet of curiosities: the microbium, the host and cancer association. Mol Oral Microbiol 2014; 29(2): 55—66. DOI: 10.ni1/omi.12047

52. Ding H.T., Taur Y, Walkup J.T. Gut Microbiota and Autism: Key Concepts and Findings. J Autism Dev Disord 2017; 47(2): 480-489. DOI: 10.1007/s10803-016-2960-9

53. Хавкин А.И., Ипполитов Ю.А., Алешина Е.О., Комарова О.Н. Микробиота и болезни полости рта. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология 2015; 6(118): 78-81.

54. Хавкин А.И. Микрофлора пищеварительного тракта. М.: Фонд социальной педиатрии, 2006; 416.

55. Хавкин А.И., Волынец Г.В., Никитин А.В. Взаимосвязь кишечного микробиома и метаболизма желчных кислот. Вопросы практической педиатрии 2020; 15(1): 53-60. DOI: 10.20953/1817-7646-2020-1-53-60.

56. Комарова О.Н., Хавкин А.И. Взаимосвязь стресса, иммунитета и кишечной микробиоты. Педиатрическая фармакология 2020; 17(1): 18-24. DOI: 10.15690/pf.v17i1.2078.

57. Богданова Н.М., Хавкин А.И., Колобова О.Л. Перспективы использования ферментированных молочных продуктов у детей с первичной гиполактазией взрослого типа. Российский вестник перинатологии и педиатрии 2020; 65(3): 160-168. DOI:10.21508/1027-4065-2020-65-3-160-168

58. Хавкин А.И., Федотова О.Б., Волынец Г.В., Кошкарова Ю.А., Пенкина Н.А., Комарова О.Н. Результаты проспективного сравнительного открытого рандомизированного исследования по изучению эффективности йогурта, обогащенного пребиотиками и пробиотиками, у детей раннего возраста, перенесших острую респираторную инфекцию. Вопросы детской диетологии 2019; 17(1): 29-37. DOI: 10.20953/1727-5784-2019-1-29-37